2006 – 2012 : Seconde phase, les appartements de « Sissi ». Cette seconde phase ne pouvait réellement s’ouvrir que lorsque les petits appartements seraient libérés par les différentes administrations qui les occupaient. Un processus complexe a permis d’obtenir en 2006 une décision tendant à l’intégration progressive de ces pièces dans le Musée Correr. Depuis 2008 neuf pièces ont été libérées (Appartements de l’Impératrice), puis quatre (Appartements de l’Empereur), et trois en 2015 (Appartement de l’Empereur Maximilien du Mexique).
Le Musée Correr a pu intégrer et ouvrir au public en juin 2012 neuf nouvelles pièces restaurées par le Comité français grâce au soutien de la Florence Gould Foundation, du World Monuments Fund Europe, du Groupe LVMH, de Madame Alain Mérieux, de Monsieur et Madame Henry Hermand et de Madame France Majoie Le Lous. Pour ces deux premières phases notre Comité a fait environ deux millions et demi d’euros de travaux.